L'aventure commence lorsqu'Eggman retrouve le journal intime de son grand-père, le professeur Gerald Robotnik. Il y découvre l'existence d'une puissante arme secrète scellée dans une base militaire. Après avoir infiltré la base et libéré cette arme, celle-ci se révèle être Shadow, un hérisson noir ressemblant beaucoup à Sonic, qui promet à Eggman d'exaucer un de ses vœux...