Miles Morales hat sich gerade erst halbwegs an seinen Alltag als Spider-Man in Brooklyn, die Schurkenjagd und seine Hausaufgaben gewöhnt. Doch als er zur feierlichen Veröffentlichung eines brandneuen Videospiels eingeladen wird, läuft alles völlig schief: Jeder, der das Spiel spielt, friert urplötzlich mitten in der Bewegung ein.
Hinter der Misere steckt ein außerirdischer Bösewicht namens „The Stranger“. Dieser hat die Menschheit beobachtet, für unfähig befunden und verfolgt nun eine extreme Form der Gerechtigkeit. Da auch Miles' Freunde und Familie (einschließlich seines Onkels) eingefroren sind, liegt das Schicksal der Welt allein in seinen Händen. Um die Katastrophe abzuwenden, muss er sogar mit alten Feinden (wie Trinity) zusammenarbeiten, um den Stranger aufzuhalten, bevor die Zeit abläuft.