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En tant que membre de la Wyacadémie, vous êtes envoyé pour protéger et aider quatre villages emblématiques de la série (Bherna, Kokoto, Pokke et Yukumo). Chacun de ces villages est terrorisé par un monstre ultra-puissant, formant le groupe des Quatre Condamnés (The Fated Four) : le Glavenus, l'Astalos, le Mizutsune et Gammoth.Dans cette version Ultimate, l'intrigue s'épaissit avec la découverte d'un mystérieux navire volant et l'apparition de deux nouvelles menaces absolues :
Le Valstrax : Un dragon ancien capable de voler à la vitesse d'un avion de chasse, ressemblant à une comète rouge dans le ciel.
L'Ahtal-Ka : Une wyverne insecte extrêmement intelligente capable de manipuler des débris métalliques et des ruines pour construire un mécha géant.
Votre objectif est de gravir les échelons de la guilde, de pacifier les différentes régions en chassant ces forces de la nature, et d'aider la Wyacadémie à percer les mystères des dragons anciens pour restaurer l'équilibre du monde.
