An der Ostküste der USA häufen sich in Megastädten ungeklärte Fälle von Suizid. Ein Mädchen sitzt auf einer Parkbank in New York und ersticht sich plötzlich. Massenweise stürzen sich Bauarbeiter von einem Gebäude, das sie gerade renovieren.
Der mit Alma verheiratete Elliot Moore arbeitet als Biologielehrer in Philadelphia. Er ist mit seinem Kollegen Julian befreundet. Moore diskutiert gerade mit seinen Schülern darüber, dass in den Vereinigten Staaten auf ungeklärte Weise Bienen verschwinden, als ihn und die Kollegen die Nachrichten über die Selbstmorde in New York erreichen. Die Behörden gehen zunächst von einem terroristischen Angriff mit Giftgas aus.
Später kommt Elliot zu dem Schluss, dass Pflanzen ein Nervengift freisetzen, welches beim Menschen in drei Stufen wirkt: In der ersten Stufe erleidet das Opfer sprachliche Verwirrung, in der nächsten Stufe tritt Orientierungslosigkeit auf und in der letzten Stufe begeht das Opfer Suizid . Der Schulunterricht wird eingestellt.
Die Moores, Julian und dessen Tochter Jess fliehen mit einem Zug aufs Land; der Zug hält unterwegs jedoch an, da der Lokführer keinen Funkkontakt mehr zur Außenwelt hat. Julian fährt nach Princeton, New Jersey , um seine Frau zu holen. Seine Tochter lässt er bei seinen Freunden zurück. Als der Wagen, in dem er mitfährt, ein bewohntes Gebiet erreicht, entdecken sie, dass hier die Erscheinung bereits aufgetreten ist. Durch ein Loch im Dach des Wagens dringt Außenluft ein, woraufhin sich die Insassen umbringen.
Auch Elliot, Alma und Jessie fliehen in einem Auto, zusammen mit einem Gärtnerehepaar. Sie treffen auf weitere Flüchtlinge. Diese große Gruppe zieht zu Fuß weiter. Aufgrund unterschiedlicher Annahmen über die Seuche teilt sie sich in kleinere Gruppen auf, bis zuletzt nur die Moores und Jess zusammenbleiben. Auf der Farm der in ihrer selbstgewählten Isolation verrückt gewordenen Mrs. Jones finden sie einen Schlafplatz.
Als am nächsten Morgen auch die Farm heimgesucht wird, bringt Mrs. Jones sich um, womit nun selbst Einzelpersonen nicht mehr sicher sind (vorher waren nur Gruppen betroffen). Elliot, seine Frau und Jess finden jedoch im Inneren der Farm Schutz und überleben so die Katastrophe.
Drei Monate später nehmen die Dinge wieder ihren gewohnten Lauf. Elliot und Alma haben Jess als ihre Tochter aufgenommen und Alma erwartet zudem selbst ein Kind. Im Fernsehen hört man einen Biologen, der spekuliert, dass das Ereignis eine Warnung gewesen sei, eine Abwehrreaktion des Planeten, der damit auf Überbevölkerung und Umweltschäden reagiert.
In der Schlussszene sieht man, wie sich in Paris, im Park Jardin des Tuileries des Königspalastes Louvre , die Ereignisse aus der Anfangsszene im Central Park wiederholen.
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